短程蒸餾器還適合于進行分子蒸餾。分子流從加熱面直接到冷凝器表面。分子蒸餾過程可發如下四步：
　　1、分子從液相主體向蒸發表面擴散
　　通常，液相中的擴散速度是控制分子蒸餾速度的主要因素，所以應盡量減薄液層厚度及強化液層的流動。
　　2、分子在液層表面上的自由蒸發
　　蒸發速度隨著溫度的升高而上升，但分離因素有時卻隨著溫度的升高而下降，所以，應以被加工物質的熱穩定性為前提，選擇經濟合理的蒸餾溫度。
　　3、分子從蒸發表面向冷凝面飛射
　　蒸氣分子從蒸發面向冷凝面飛射的過程中，可能彼此相互碰撞，也可能和殘存于兩面之間的空氣分子發生碰撞。由于蒸發分子遠重于空氣分子，且大都具有相同的運動方向，所以它們自身碰撞對飛射方向和蒸發速度影響不大。而殘氣分子在兩面間呈雜亂無章的熱運動狀態，故殘氣分子數目的多少是影響飛射方向和蒸發速度的主要因素。
　　4、分子在冷凝面上冷凝
　　只要讓冷熱兩面間有溫度差（一般為70~100℃），冷凝表面的形式合理且光滑則認為冷凝步驟可以完成，所以選擇合理冷凝器的形式相當重要。
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